Reconocido como prototipo de los grandes aventureros que dieron brillo a los comienzos de la aviación y promovieron su desarrollo, Benjamín Méndez Rey fue el primer piloto colombiano en realizar el histórico vuelo Bogotá-Nueva York en el Curtis Falcon F-O1, Ricaurte, en 1928. Con sus hazañas trazó el camino de la naciente Fuerza Aeroespacial y, como parte del primer grupo de instructores, forjó nuevas generaciones de pilotos.

Los primeros actos de presencia militar en la isla se remontan a 1937, a raíz de un incidente entre Colombia y Nicaragua, cuando un avión Junkers JU-52 detectó la presencia de naves nicaragüenses en la zona, hecho que motivó la creación de una base militar para defensa de la soberanía. En 1979, se estableció en la isla de San Andrés esta Base Aérea, más conocida como el Grupo Aéreo del Caribe, GACAR. Sin embargo, desde 1947, el Escuadrón de Transporte de la Fuerza Aeroespacial había iniciado la operación con hidroaviones Catalina PBY- 5 en la ruta San Andrés-Providencia, ejerciendo soberanía en este territorio del país.

Posteriormente, entre las décadas de los cuarenta y los sesenta, la Fuerza Aeroespacial con aviones Kansan AT-11 y Expeditor C-45 realizó trabajos de aerofotogrametría y cartografía en todo el archipiélago y sus islas. Desde 1979, comenzaron a operar los primeros aviones Dragon Fly A-37, Tweet T-37 y Mirage M-5, cumpliendo misiones de vigilancia y patrullaje. Más adelante, se asignó el equipo CASA C-212 para intercomunicar a San Andrés y Providencia de manera permanente.

Con la categoría de Grupo Aéreo en 1987 y el ingreso de Colombia al programa Red de Radares de la Cuenca del Caribe, CBRN, la Fuerza Aeroespacial recibió la misión de operar sistemas de radares militares tridimensionales, concebidos para el control y prevención del contrabando y el narcotráfico, actividad que esta Unidad realiza a partir de 1992.

La Base realiza especialmente misiones de vigilancia y reconocimiento aéreo, para identificar e interceptar narcóticos en altamar, en Apoyo a la Supresión de Tráficos Ilegales Marítimos, ASTIM, actividad coordinada con la Armada Nacional en el marco de las operaciones que cumple el Comando Específico de San Andrés y Providencia, CESYP.

GACAR efectúa vuelos que apoyan diferentes programas de carácter social, contribuyendo al mejoramiento de la calidad de vida de isleños y raizales. Con aeronaves Caravan C-208 medicalizadas y King Air C-90 tiene un papel preponderante en operaciones de búsqueda y rescate de náufragos en altamar, traslado aeromédico e identificación de navíos extranjeros que ingresen a territorio colombiano en actividades de pesca ilegal.

En 2000, el archipiélago fue declarado por la UNESCO Reserva de Biósfera Sea Flower. A partir de 2017, la Unidad participa en la preservación de la flora y fauna con el proyecto Cleaning the Flower, consistente en evacuar desechos no reciclables y no biodegradables de la isla.