Nació en Hatoviejo, hoy Bello (Antioquia), el 23 de abril de 1855. Durante sus años de estudio Marco Fidel se destacó siempre por su «aplicación grande y su conducta ejemplar». Estudió latinidad, filosofía, sagrada escritura, derecho canónico, teología dogmática e historia eclesiástica.

Desde 1872 fue maestro a la vez que estudiante; enseñó filosofía y gramática y, al año siguiente, aritmética, álgebra y caligrafía con un sueldo de doce pesos. Ese mismo año, en la reunión solemne de la Academia Literaria del Seminario de Medellín, pronunció su primer discurso titulado "El Utilitarismo" y publicado en La Sociedad, de Medellín. En 1876, su último año de estudios en el seminario, se matriculó en derecho canónico y teología dogmática, y enseñó filosofía, gramática y física. En esa misma época Suárez recibió la amarga noticia de que no podría ser sacerdote. Solicitó, entonces, el puesto de maestro de la escuela de varones de Hatoviejo, donde empezó a trabajar el 14 de octubre de 1877.

En 1879 sobrevino el pronunciamiento contra el gobierno liberal del Estado de Antioquia y Marco Fidel se unió al ejército que comandaba el coronel Braulio Jaramillo y que luchaba contra el general vallecaucano Tomás Rengifo. En el Cuchillón, cerca de Santa Rosa de Osos, fue nombrado teniente en el campo de batalla, pero su ejército fue derrotado y se refugió en la hacienda de Santa Isabel, de propiedad de don Carlos Cárdenas, cerca de Malabrigo. En 1880 llegó a Bogotá y se presentó con sus recomendaciones en el Colegio del Espíritu Santo, dirigido por Sergio Arboleda y por Carlos Martínez Silva. Fue aceptado, y de 1880 a 1884 fue simultáneamente alumno y profesor de dicho colegio.

El 12 de diciembre de 1881, a los 26 años de edad, entró a la vida literaria colombiana: fue premiado por la Academia Colombiana de la Lengua por su Ensayo sobre la Gramática Castellana de don Andrés Bello, desde esa noche, Marco Fidel Suárez quedó consagrado como una autoridad en gramática y literatura. Miguel Antonio Caro, en ese momento director de la Biblioteca Nacional, debió dejar su cargo por algún tiempo. Suárez fue nombrado como su reemplazo y trabajó allí por algo más de un año. Completó sus vínculos con esa generación de sabios al desempeñarse como uno de los amanuenses de Rufino José Cuervo. El 12 de mayo de 1883, los señores Miguel Antonio Caro y Carlos Martínez Silva propusieron su nombre para individuo de número de la Academia. AI año siguiente, la Academia Española confirmó esa elección y lo nombró correspondiente suyo.

En 1885, al cumplir 30 años, entró de oficial mayor de la Secretaría del Ministerio de Relaciones Exteriores. Así se inició la carrera de Suárez como internacionalista, una de sus facetas más interesantes y menos divulgadas. Toda su vida se interesó por afirmar la posición de su patria en el concierto de las naciones y con ese propósito trabajó no sólo en el ministerio del ramo, sino también como consultor, periodista y maestro, ya que en 1888 entró al Colegio del Rosario para dictar el curso de derecho internacional público. El 10 de marzo de 1891 fue nombrado ministro de Relaciones Exteriores por el presidente de la república Carlos Holguín. El 7 de agosto de 1892 se posesionó de la Presidencia Miguel Antonio Caro, y lo ratificó como ministro de Relaciones Exteriores.

En 1895, el 15 de agosto, contrajo matrimonio con Isabel Orrantia y Borda, prima de Miguel Antonio Caro y perteneciente a una aristocrática familia bogotana.

A partir del año de 1896 Suárez se separó del mundo de las letras y se adentró en el de la política, tan ajeno a su espíritu y a su carácter. La Iglesia, a la que siempre estuvo unido por lazos de gratitud, pues le debía su formación, fue su apoyo y estímulo. Dos acontecimientos familiares marcaron para Suárez esa época: el nacimiento de su hijo Gabriel y el fallecimiento, muy poco después, de su esposa, a quien adoraba.

El 1 de octubre de 1902, a los 47 años, fue elegido miembro numerario de la Academia Colombiana de Historia. Dos años más tarde, fue nombrado miembro correspondiente de la Academia Antioqueña de Historia. El 20 de julio de 1914 se instaló el Congreso. Suárez ocupó su curul en el Senado, y fue elegido presidente de la corporación. Como tal, el 7 de agosto dio posesión de la Presidencia a José Vicente Concha, quien lo nombró su ministro de Relaciones Exteriores. El 22 de junio de 1917, la mayoría conservadora del Congreso lanzó la candidatura de Suárez. El 12 de agosto se llevó a cabo una manifestación pública de respaldo a dicha candidatura. Al aceptar, el candidato dijo: “El suelo de Colombia es estéril para la simiente de la arbitrariedad”.

El 10 de febrero de 1918, a los 63 años, se verificaron las elecciones en las que Marco Fidel Suárez fue elegido presidente de la República. El 27 de noviembre sancionó la ley 58 de 1918 que creó el impuesto sobre la renta, uno de sus grandes logros en materia de ordenamiento económico, y que contribuyó en gran manera a iniciar una toma de conciencia sobre los problemas fiscales del país. El 28 de agosto de 1919, Suárez dictó el decreto 1667 «por el cual se crea una condecoración». Creó la Cruz de Boyacá para oficiales del ejército; después se hizo extensivo ese honor a los civiles. El 26 de noviembre contrajo matrimonio en Bogotá su hija María Antonia Suárez Orrantia, con Roberto Morales Olaya, de cuya unión nacieron cuatro hijos: Gabriel, Isabel, José María y Teresa.

El 5 de diciembre de ese mismo año se fundó la empresa de aviación SCADTA (Sociedad Colombo Alemana de Transporte Aéreo) en Barranquilla, que se inauguró en julio de 1920. Puede verse aquí la percepción que tenía Suárez del futuro, pues Colombia fue pionera en transporte aéreo en América Latina. El 31 de diciembre se sancionó la ley 126 que creó la aviación militar en Colombia, actualmente Fuerza Aérea Colombiana. Para este fin el Congreso Nacional incluyó en esta ley la autorización para crear la Escuela Militar de Aviación y aportar un presupuesto de $170.000 pesos de la época para comprar aeroplanos y pagar los sueldos y el mantenimiento de la floreciente nueva arma.

A raíz de la grave crisis económica por la que atravesaba el país, el 9 de noviembre de 1921, Suárez envió al presidente del Senado una nota en la que le avisaba su separación de la presidencia. Dos días después asumió como presidente el primer designado, Jorge Holguín.

El 11 de marzo de 1923, a los 68 años, apareció en El Nuevo Tiempo, un artículo llamado "Un sueño", primero de la serie de artículos que, bajo el nombre de Los sueños de Luciano Pulgar, aseguraron a Suárez un lugar preeminente en la literatura colombiana. Los sueños, publicados hasta poco antes de la muerte de don Marco, son un compendio de su saber enciclopédico, de sus variados y amenos recuerdos y un mosaico de las gentes que lo supieron apreciar y que dejaron huella perdurable en su memoria. Combina estudios sobre temas gramaticales con trozos de historia, descripciones de los paisajes que admiró en sus extensos recorridos por la geografía de su patria, en fin, por la tersura de su prosa y la pureza de su estilo son considerados ejemplos clásicos de la literatura colombiana.

El 9 de marzo de 1927, El Nuevo Tiempo publicó "El sueño del Padre Nilo", su último escrito. El 29, el párroco de San Victorino, presbítero Eliécer Gómez, le administró los santos sacramentos. El 3 de abril de 1927, domingo, a las 11 de la noche, murió a los 72 años.

En su honor, la Escuela Militar de Aviación, Cali, fue bautizada con su nombre.